Muitas vezes um tratamento de disfunção da ATM não evolui bem e o motivo pode ser por uma infecção não diagnosticada.

Infecção bacteriana na ATM é algo já conhecido da ciência. Em 1999 o prof. Learreta, J.A. publicou um trabalho, que demonstrava a regeneração completa da ATM, vista em ressonâncias magnéticas antes e depois de tratar uma infecção por estreptococo beta hemolítico, uma bactéria relativamente comum nas infecções de garganta e que já era uma conhecida causadora de doenças articulares. Ainda no mesmo ano, Henry e colaboradores detectaram pela primeira vez a clamídia trachomatis (que é uma bactéria bem nociva para o ser humano) no tecido das ATM’s de pessoas com disfunção.

De lá para cá, inúmeros trabalhos destes e de outros autores demonstraram a presença de vários tipos de bactérias associadas a problemas nas ATM’s e o mais intrigante é que essas infecções passam despercebidas por anos, pois se tornam sub-clinicas, ou seja, produz poucos ou nenhum sintoma comuns às infecções como pus, vermelhidão e dor local.

Desta forma, uma bactéria que se fixe dentro da ATM, poderá permanecer por um longo período, anos até, provocando lesão e induzindo um processo degenerativo auto-imune. Isto é, as defesas do sistema imunológico do corpo acabam lesionando também estruturas que não deveriam ser “atacadas”.